מנהלי בתי ספר יסודיים מוצאים בעמותת אומ"ץ שותף אמיתי למערך החינוך. זאת תודות למגוון רחב ועשיר של מערכי שיעור וסילבוסים מובנים. תוכניות החינוך לבתי הספר היסודיים באומ"ץ מתכתבות עם תוכניות הלימוד של משרד החינוך כמו מפתח הל"ב, תרבות ישראל ומורשתו, האחר זה אני, למידה משמעותית וכדומה. הן מתחברות לנושאים נוספים על גבי לוח השנה כמו ימים מיוחדים, פרויקטים ספציפיים וכו'.
אומ"ץ מתאימה את מערכי השיעור לכיתות השונות בבית הספר היסודי ולרשותה מערכים ייעודיים לכל שכבה (א'-ו'). תוכניות החינוך מציבות את החוויה במרכז. אומ"ץ קשובה לבקשות מצד בית הספר ומסוגלת לספק מענה גם לצרכים מיוחדים. התכנים מפוקחים על ידי משרד החינוך וכוללים שימוש בעזרים מושקעים (עד כדי הפקות של ממש).
בין הנושאים המועברים בבתי ספר יסודיים ניתן למנות למשל אגדות חז"ל, אירועים לפי לוח השנה היהודי, התייחסות למועדים מיוחדים (כמו יום המשפחה או יום הזיכרון), תוכניות העוסקות בחיבור בין יהדות וטבע, שמירה על איכות הסביבה, כיבוד הורים, זהירות בדרכים, מנהיגות, אישיים חשובים בתנועה הציונית, פרשת השבוע, סוגיות בין אדם וחברו, התמודדות עם בריונות בבית הספר (ולאחר שעות הלימודים), תזונה נכונה, גלישה בטוחה ברשת ועוד.
